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邵振谈“高等生物里的表观遗传调控”

核心提示: 12月26日,中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所研究员邵振做客我校水产讲坛,作了题为“高等生物里的表观遗传调控”的报告。

邵振研究员回答老师提问
邵振回答问题(供图  李青彬

南湖网讯(通讯员  张肖洁)12月26日,中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所研究员邵振做客我校水产讲坛,作了题为“高等生物里的表观遗传调控”的报告。水产学院林蠡、徐镇、陈天圣教授,生科院董志强、张敏、陈振夏教授等60余位师生代表参加了报告会。报告由水产学院遗传与育种系教授刘静霞老师主持。

报告伊始,邵振介绍自己的主要研究方向:基因表达调控和表观基因组学。

在染色质结合蛋白的细胞类型特异性调控功能中,他和合作者发现通过比较来自不同细胞类型的ChIP-seq数据对理解细胞类型特异性基因转录调控至关重要。在用于定量比较两个ChIP-seq样本的MAnorm模型,刻画每个结合位点上信号强度在所比较样本之间的变化倍率和统计显著性中,他利用经典的M-A图来表征两个样本之间ChIP-seq信号强度(log2-read density,log2(R))之间的变化,直接对每个结合位点的(M,A)值进行标准化的基本思路,使用样本间共有的结合位点来构建样本信号强度标准化的参照模型,再外推应用至所有的结合位点,进而延伸到用于定量比较两组ChIP-seq样本的MAnorm2模型(每组为相同实验的生物学重复),更可信地刻画每个结合位点上信号强度在所比较样本之间的定量差异和基于定量解析组蛋白修饰或染色质开发程度的细胞间差异与转录因子结合之间的关联,发掘潜在细胞类型特异性调控因子的MAnotif模型。这可应用到以跨物种比较人与小鼠胚胎干细胞多能性核心调控网络进化差异为基础,寻找人类所特异的早期胚胎发育调控因子。

紧接着,通过围绕ChIP-seq数据、转录组数据以及蛋白组数据等开展多组学整合分析,解析了细胞类型特异性增强子元件的功能、表观调控因子与细胞类型特异性转录因子之间的相互作用、表观调控复合物的细胞类型特异性构型和细胞类型特异性的主调控因子等。通过比较两组定量蛋白组数据,发掘丰度存在显著变化的蛋白的MAP模型,应用分析红细胞发育和HIV病毒侵染T细胞等过程中蛋白水平的基因表达变化发现许多重要的基因通路和转录因子在这些过程中仅在蛋白水平上表现出显著的表达变化和基因翻译的组织特异性调控机制。

审核人:刘静霞

责任编辑:柏佳曼
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