南湖新闻网

首页 > 新闻 > 人才培养 > 正文

我校举办第四届生物信息设计与技能大赛

核心提示: 4月14日下午,我校第四届生物信息设计与技能大赛在逸夫楼C座举行。来自信息学院、生命科学技术学院、食品科学技术学院等9个学院的近50名选手参赛。

南湖网讯(通讯员吕靖怡 秦信广)4月14日下午,我校第四届生物信息设计与技能大赛在逸夫楼C座举行。来自信息学院、生命科学技术学院、食品科学技术学院等9个学院的近50名选手参赛,信息学院院长张红雨教授、马彬广教授、孔德信教授等老师担任评委。

本次比赛面向校内生物信息、生物科学以及相关专业的本科生,每1至4名大学生灵活组队。此次竞赛共分为三个赛道:第一赛道为生物信息算法与软件的设计和优化;第二赛道为组学数据的挖掘与统计分析;第三赛道为生物系统的建模与模拟。

为改进RNA-Seq这一重要的研究生物学问题的方法,第一赛道的“Aurora of bioinformatics” 队伍通过使用Python语言对流程进行衔接从而整合多个软件,用包括“爬虫”技术、文本挖掘技术等多种优化技术以及自主研发软件工具的方式形成了一套完整的RNA-Seq自动分析系统。这样的流程化处理使得用户只需一次命令即可完成可变剪切分析的所有流程,节省了繁复的步骤,提高了工作效率。第三赛道的“爱模拟旗舰队”基于拉伸动力学的药物停留时间模拟的项目,以物理与生物结合的形式来解决生物问题,角度新颖且具操作性。此外,以改进算法和生物学分析为主的第一、三赛道的另外七组也讲解了他们的项目,独特的思考角度与多种研究方法不断“碰撞”。

第二赛道的BiC-wdc组带来的是“基于CMap数据的雷公藤红素作用类似药物组合”,从背景、研究思路、算法简述以及结果分析方面对小组的项目进行了阐述。他们通过药物组合的基因表达矩阵先进行初步数据筛选再运用计算欧式距离、投影寻踪、MiNi-Batch-KMeans聚类、自定义打分的方法进行相似性计算,最终得出由a372n参与组成的三种药物组合a372na405、a214na372n、a372na1264n,以及药物组合a214na1295n的表达谱与雷公藤红素的表达谱相似度较高,具有比较大的研究意义这一结论。

答辩结束后,张红雨强调要注重生物学背后的意义,希望同学们在理解生物学问题的前提下,明确数据来源,加深对本质特征的理解,选择步骤较少的方法。他鼓励其他学院的同学多学编程,提高编程能力,强化算法方面的知识。

最终第一赛道“RNA-Seq自动化系统的构建和相关网络服务的开发”获得本赛道第一名;第二赛道“基于表观基因组数据的T2DM中药发现”获得本赛道第一名;第三赛道“大豆慢生根瘤菌基因依赖性网络构建与分析”获得本赛道第一名。

审核人:孙超

责任编辑:罗林
0