南湖新闻网

首页 > 新闻 > 人才培养 > 正文

【我这十年】张红雨:华农生物信息的拓荒者

核心提示: 学院事业欣欣向荣,学生成长成才,这让我感到很欣慰。未来,我将继续发扬“不忘初心、牢记使命”精神,为华农生物信息学事业耕读不辍,孜孜以求。

 

张红雨在工作中(受访者供图)

张红雨在工作中(受访者供图)

2014年,学校审时度势,谋篇布局成立信息学院。而今,回望这十年,在学校的强力支持下,信息学院从一粒种子成长到开枝散叶,成为学校日新月异发展的一个缩影。我很荣幸,成为华农生物信息事业迅猛发展的见证者。

谋篇布局:搭稳“四梁八柱”

记得刚到华农的时候,连我自己在内,生物信息学团队隶属于生命科学技术学院,一共只有5个人。团队老师少、学生少的状况挡不住大家谋事创业高涨热情,大家一同在档案馆四楼一块100多平米的“地盘”埋头搞研究。

当时,生物信息学作为生命科学领域的一个新兴专业,正在蓬勃发展,它既与生物科学、生物技术和生物工程等专业相互交叉,又有其自身的鲜明特色。根据学校多学科的发展战略及生命科学技术学院良好的学科基础,我们认为,应当在华农设立生物信息学本科专业。

令人鼓舞的是,学校认为设置生物信息学专业符合学校的现实情况和未来发展方向,是学校一个崭新的发展极,支持我们申报生物信息本科专业。这极大地提振了我们的信心。

在专业申报过程中,学校给予了最大可能的人、财、物支持。一支由院士、国家名师领衔,中青年专家为骨干,青年博士为后备的高水平学术与教学梯队,为生物信息学专业的开办提供了坚实的师资和条件基础。

2011年,生物信息学本科专业正式招生。

生物信息学在当时算是个小众学科,但在华农,大家对它有着强烈的需求。那时,我们经常在档案馆四楼的会议室举办生物信息学讲座和培训,每次都是一座难求。这种火爆的场面让我在出乎意料的同时又增添了一丝感动。

团队研讨(受访者供图)

生物信息学团队研讨(受访者供图)

学校依托教育部修购专项,给予专业建设有力的财力支持。我们的“地盘”逐渐扩充了,学科也快速发展,团队2011年获批生物信息学硕士点、博士点,2013年获批湖北省重点实验室、湖北省自然科学基金创新群体。

回想1994年,学校审时度势成立了生命科学技术学院,坚持用现代生物技术提升传统农科,形成了生命科学特色;20年后,学校又谋划成立信息学院,加快信息学科发展,以生物信息学推动传统农科发展。

这对学校长远发展意义重大。学校广泛开展校内外调研,对信息学院成立的必要性、学院的命名、学科专业、教师学生、办学定位、发展目标、教师考核和编制机构等都进行了充分的论证。

2014年,信息学院揭牌成立(记者 刘涛 摄)

2014年,信息学院揭牌成立(记者 刘涛 摄)

2014年,逸夫楼A座,刚成立的信息学院借用理学院召开系部主任工作会议(信息学院 供图)

2014年,逸夫楼A座,刚成立的信息学院借用理学院召开系部主任工作会议(信息学院 供图)

2014年,信息学院成立,这是学校发展史上的一件大事。学校提出,信息学院要围绕建成教学研究型学院的目标,加强现代信息技术与其他学科的结合,不断提升研究水平,以局部优势带动整体发展,努力办成特色鲜明的学院。2015年,我和学院的老师同学们搬到了逸夫楼C座,继续为实现这一目标努力。

八年过去,与刚成立时相比,信息学院不负学校期望,办学水平有了质的飞跃。现在回想,这一切还要从当初狠抓构建学院“四梁八柱”说起。

学院刚成立时,只有两个本科专业和生物信息学硕士点、博士点。现在,我们有4个本科专业、3个博士点、5个硕士点,生物信息学更是作为生物学学科一部分,入选“双一流”建设学科,在第四轮学科评估中获评A类,这是值得全院师生骄傲的事情。目前,全院本科生和研究生加起来超过1500人,规模比以前大了很多。

学生体量增加的同时,师资规模也同样有了长足的进步。八年前,全院只有3名教授;现在,全院教工逾100人,专任教师超过80人,光教授就有16名。这可比刚建院的时候强太多了。

在研究平台和团队方面更是如此。现在,我们有4个省部级平台,2个湖北省自然科学基金创新群体,1个湖北省高等学校优秀中青年科技创新团队,智慧农业、人工智能物联网等团队也逐渐形成,一批老师入选各类国家级、省部级人才计划和项目。

信息学院今貌(信息学院 供图)

信息学院今貌(信息学院 供图)

有学校做坚强后盾,经过这些年的努力,学院的专业、学位点、研究平台和团队从无到有,由弱到强,“四梁八柱”就此稳固地建立起来。站在这样的基础上面对未来,我充满信心。

学科发展:相互成就,立己达人

生物信息学是典型的交叉学科。这就要求我们,既要遵循信息学科发展的内在规律,大力推进学科自身发展,又要坚持信息学科与我校优势学科交叉融合的道路,正确处理入主流和创特色的关系。

回望这十年,前五年,我们通过生物信息学对传统农科发展起到了很好的推动作用。

2010年,我在新加坡访问的时候和一名校友商定为学校做点事情,当时瞄准了甜橙基因组,希望做成世界第一。在邓秀新院士的支持下,甜橙基因组计划正式启动。2012年,世界上首张“甜橙基因组图谱”由华农公布,生物信息学团队在其中发挥了重要作用。

2012年,世界上首张“甜橙基因组图谱”由华农公布,生物信息学团队在其中发挥了重要作用(徐强 供图)

2012年,世界上首张“甜橙基因组图谱”由华农公布,生物信息学团队在其中发挥了重要作用(徐强 供图)

此后,我们先后和水稻、玉米、油菜、棉花等团队合作,都取得了不错的成果。我想,这其实也是生物信息学科发展的动力所在,因为各个团队都有生物信息学方面的需要。

从那时起,我们陆续为学校各个团队培养了许多生物信息学人才。现在,各个实验室基本上都有了自己的生物信息学小团队。

科技在飞速发展,必须以发展的眼光来看问题。过去我们所做的是生物信息和其他农科的简单交叉,但是现在不一样了,大家对计算机技术的应用提出了更高要求,包括大数据、人工智能等一些底层技术需求非常大。在这种背景下,必须为学院和学科寻找新的发展极,二次“创业”,实现信息学院筹建时期学校提出的“高起点、有特色、高水平”发展的要求。

张红雨主持“happy hour”(信息学院 供图)

张红雨主持“happy hour”(信息学院 供图)

我的思路是,借助计算机底层技术进一步提升传统的生命科学和农业科学,同时生命科学也会启发计算机科学,特别是人工智能的算法创新。

最近五年,我们在学校的强力支持下,从校外引进了不少计算机学科带头人。学院基本上每周都要举办一次“happy hour”活动,全院老师轮流上阵讲解最前沿的技术,有时也会请这些老师的导师或同学来讲授。这些讲座带来了新观点和新思路,使师生耳目一新,也给了我极大的启发,使我有底气去做底层交叉。

经过了三年左右的交流,我逐渐形成了“数据层、算法层、系统层”的底层交叉策略,在此基础上对接作物学、园艺学、畜牧兽医、医学健康、经济管理等领域的应用。这样一来,学院科研的计算机“味道”更浓,也更好地体现了数字技术的魅力,也更加契合学校第十次党代会报告和学校事业发展“十四五”规划中关于优化学科建设布局、加快学科交叉融合的有关要求。

我经常讲的一个词叫“相互成就”。可以说,这十年,是生物信息学和其它学科相互成就的十年。眼下,学校大力支持生物信息学发展,这与当年我们积极助推其它学科发展不无关系。

我们学校的校训“勤读力耕、立己达人”非常好。在我理解就是,自己要发展,就要推动别人发展;别人发展了,也会促进自己发展。这一点,我们全校都做得很好。站位高了,心胸、视野开阔了,学科发展的整体态势尽收眼底,也就能更好地把握未来。

教书育人:心中有学生,“超循环”育人

2011年,生物信息学本科专业正式招生。不过,由于是新专业,不少被录取的新生感到陌生甚至怀疑,有些一入学就有了转专业的想法。

针对这种情况,作为专业负责人,我倡导实行“本科生导师制”,化解学生的疑惑,增强学生的专业自信。

学生与张红雨自由交流(信息学院 供图)

学生与张红雨自由交流(信息学院 供图)

“本科生导师制”在一年级主要是学业导航,增进师生了解;二年级让学生进入专业训练;三年级要做具体课题;最后四年级还有一个比赛。这个比赛不仅有排名,还要发奖励。后来,这一套做法发展成为一门课,称为“项目育人”。有了这个教学环节以后,学生从大二就开始进入实验室,接触科研实践,最后的毕设水平明显提高。

我始终认为,身教重于言传,因此提出“超循环”育人模式将教学、科研、社会服务有机融合,引导学生在科研项目训练中得到自我提升,努力构建“师生共同体”。

生物信息体现的就是生物学和信息科学的无缝对接,学好并不容易。横向对比,我感觉,我们学校生物信息的课程设置很有特色——我们计算机的老师多,生物学氛围更是浓厚,在这两个领域,什么课都能够开得出来。所以我们的学生毕业出去以后,基础扎实,视野开阔,综合实践能力强,口碑好。

比如,同样是在华大基因实习,华农的学生口碑就很高,遇到难题,首先会找华农的学生来解决。前不久,我接到一封已经毕业十年的学生小伟(化名)的邮件,他在邮件里谈到,十年前在我这里做本科毕业论文的那段经历对他的人生产生了重要影响,对我表示感谢。现在,小伟已经是国内一所著名大学的优秀学者。这两天,又获悉首届生物信息专业的两位同学入选2022-2024年度中国科协“青年人才托举工程”。

这种优势其实和我们本科生的课程体系有很大关系。我曾经对比过不同学校的培养方案,我们是最完善的——计算机类课程和生物类课程各占一半,非常均衡,两个学科的主要课程都涉及了。

张红雨与实验室学生在一起(张红雨 供图)

张红雨与实验室学生在一起(受访者供图)

这些年,为增强学生专业技能,我还鼓励学生参加国际遗传工程机器设计大赛(iGEM)、大学生数学建模竞赛等一系列科技创新赛事,使学生在做项目、打比赛的过程中快速成长。这些学生8次斩获iGEM全球金奖,不仅发出华农声音,也大大激发了华农信息学子的专业自信。

张红雨获2021年度研究生导师教书育人奖(信息学院 供图)

张红雨获2021年度研究生导师教书育人奖(信息学院 供图)

学院事业欣欣向荣,学生成长成才,这让我感到很欣慰。未来,我将继续发扬“不忘初心、牢记使命”精神,为华农生物信息学事业耕读不辍,孜孜以求。

【人物简介】张红雨,1997年1月博士毕业于中科院生物物理研究所,现为信息学院院长、教授。长期从事生物信息学研究,先后主持国家自然科学基金7项,其他国家级、省部级项目多项,1999年获得第三届中国药理学会Servier奖,2005年获得中国化学会青年化学奖,2011年获得教育部自然科学二等奖(第一完成人),2013年作为团队带头人入选湖北省自然科学基金创新群体,2021年获评湖北省有突出贡献中青年专家。现为湖北省生物信息学会理事长、中国生物信息学学会(筹)理事(农林信息学专业委员会副主任委员)、中国空间科学学会理事(空间生命起源与进化专业委员会副主任委员)、中国计算机学会(CCF)数字农业分会副主任委员、Metabolites等7种国际期刊编委。

(张红雨口述 刘涛整理 审核人 吴义生)

责任编辑:刘涛