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三维基因组学团队拓扑结构域研究取得新进展

核心提示: 近日,学术期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)在线发表了我校信息学院三维基因组学团队研究论文。该团队开发了一种层次化拓扑结构域的识别和比对软件HiTAD,通过使用HiTAD软件分析不同哺乳动物细胞系的Hi-C数据,该研究发现拓扑结构域和其它层次结构域在关联染色质高阶结构、复制时序和转录调控等方面均具有重要区别。

南湖网讯(通讯员 辛西)近日,学术期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)在线发表了我校信息学院三维基因组学团队题为“HiTAD: detecting the structural and functional hierarchies of topologically associating domains from chromatin interactions”的研究论文。论文第一作者为信息学院博士研究生王小滔,通讯作者为彭城副教授。

基于染色质构象捕获技术的研究表明,哺乳动物染色质以层次化结构域的方式组织着高阶结构,其中拓扑结构域起着重要作用。然而由于拓扑结构域定义的模糊性,当前对拓扑结构域与其它层次结构域的本质区别认识较少,这为理解染色质高阶结构及其生物功能带来一定困难。在传统定义的基础上,该团队将拓扑结构域进一步定义为染色质内部互作的最优分割。基于这个定义,该团队开发了一种层次化拓扑结构域的识别和比对软件HiTAD,该软件在多个评价指标上均优于当前几款软件。通过使用HiTAD软件分析不同哺乳动物细胞系的Hi-C数据,该研究发现拓扑结构域和其它层次结构域在关联染色质高阶结构、复制时序和转录调控等方面均具有重要区别,其中拓扑结构域是连接染色质高阶结构和复制时序结构域的主要单元。该论文将HiTAD软件和团队前期开发的三维基因组分析软件(Nucleic Acids Research, 2015, 43(15), 7237-7246)整合到一个开源软件包TADLib,为他人研究提供帮助。

生物信息软件包TADLib链接:

https://pypi.python.org/pypi/TADLib

审核人:彭城

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关键词: 拓扑 hitad 高阶 软件
责任编辑:兰涵旗
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