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新加坡宋永健教授做客“信息逸站”

核心提示: 6月29日上午,应我校信息学院李国亮教授的邀请,新加坡国立大学宋永健教授做客信息逸站,在逸夫楼C座314会议室作了题为“快速、高效、准确地检测病毒DNA序列整合到癌症基因组中”的学术报告。

南湖网讯(通讯员 黄星宇)6月29日上午,应我校信息学院李国亮教授的邀请,新加坡国立大学宋永健教授做客信息逸站,在逸夫楼C座314会议室作了题为“快速、高效、准确地检测病毒DNA序列整合到癌症基因组中”的学术报告。我校信息学院、生科院、水产学院的师生代表参加报告会。

会上,宋永健介绍了针对病毒DNA序列整合到人类基因组上导致癌症的研究。他提出在人类中常见的几种癌症和病毒的关系,说明了病毒DNA整合到人类基因组中会导致癌症的发生。

目前,基于DNA测序技术的发展,病毒DNA序列整合到人类基因组的情况可通过二代测序数据进行分析。宋永健团队分析了88份肝癌病人样品的全基因组测序数据,发现了重复出现的乙肝病毒整合位点,包括有名的癌症基因MLL4和TERT等,该成果已发表于《Nature Genetics》。

在分析乙肝病毒整合在人类基因组的过程中,宋永健领衔的团队开发了一款速度更快、敏感性更高的软件BatVI。用其分析2组肝癌(HBV病毒)数据,既能找到已知的插入位点,也能找到其它软件不能识别的插入位。

宋永健团队根据BatVI的结果,找到了3个与癌症明显相关的基因,在有病毒DNA序列整合的人类基因组中,相关的癌症基因表达量更高,说明了病毒DNA序列整合的功能是促进癌症发展。根据癌症组织内不同部分的结构变异和病毒整合位点,可判断细胞的异质性和前后进化的关系。

报告结束,现场教师和学生与宋永健进行了交流探讨,希望将相关的技术应用到动物或鱼类中,促进相关领域的疾病检测发展。

审核人:李国亮

人物链接

宋永健博士,新加坡国立大学计算机学院正教授,新加坡基因组研究院的资深项目主持人,生物信息学领域的知名的专家,BWT改进算法的开创者(流行比对软件BWA、Bowtie2、BLASR等都是基于BWT改进算法的),领导开发了多项生物信息学软件,已发表240多篇高水平论文,包括在Nature、Nature Genetics、Cell、Genome Biology、Bioinformatics、RECOMB等知名杂志和会议发表论文。获科学奖项情况如下:

1. 新加坡国立大学,青年研究奖(新加坡国立大学的最高科学奖),2008;

2. 新加坡国家科学奖(新加坡的最高科学奖),2006。

责任编辑:付一凡
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