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加州大学伯克利分校助理教授王翊来访我校

核心提示: 3月30日下午,加州大学伯克利分校助理教授王翊博士来校,对其开发生物信息学在线工具的经历作出分享。

南湖网讯(通讯员 汪瑞敏)3月30日下午,加州大学伯克利分校助理教授王翊博士在信息学院逸夫楼C314同我校师生分享了开发生物信息学在线工具的经验。信息学院院长张红雨,党委书记李向东及多位教授代表参加此次交流活动。

王翊以他成功建立的PIECE(植物基因内含子和外显子进化数据库)和OrthoVenn(同源蛋白在线聚类分析平台)为例,详细介绍了开发生物信息学工具的完整流程。谈到PIECE数据库和OrthoVenn在线分析平台的区别,王诩说,数据库是将已开发好的数据包装成一个友好的界面展示给用户,而在线分析平台则需要用户提交数据,经后台计算后得到可视化反馈。两种不同功能工具的开发都需要经历需求分析、阅读文献、撰写开发文档、设计编程、测试发布整个过程。他介绍,OrthoVenn的设计是基于2003年开发的OrthoMCL算法,用DIAMOND比对改进BLAST比对之后,算法速度提高了1万倍。王翊自豪地说:“我的网站每天有接近两百个用户提交数据,也经常有用户反馈说网站使用简单易操作,当然他们也通过写邮件提出一些建议。”他提到,预计在接下来的两年里PIECE 3.0会发布。

最后,王翊强调了开发过程中3个要注意的问题。首先是版本问题,要特别注意在开发过程中用到的软件版本以及在后期调试过程中版本升级等情况;其次是权限问题,服务器往往存在安全性隐患,服务器权限不同于用户权限,前者非常严格,所以在设置权限时要特别注意区分和融合;最后也是最重要的一点,要多与潜在用户讨论,他们的需求敏感性更强烈,或许能提出更好的建议。

审核人:李国亮

责任编辑:付一凡
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