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番茄团队破译番茄长链非编码RNA

核心提示: 10月26日,学术期刊NEW PHYTOLOGIST在线发表了我校园艺林学学院叶志彪教授团队的一篇题为“Expression and diversification analysis reveals transposable elements play important roles in the origin of Lycopersicon-specific lncRNAs in tomato”(转座子在番茄特有lncRNAs的进化形成中发挥重要作用)的研究论文。

南湖网讯(通讯员王昕)番茄是一种重要的园艺作物和果实成熟发育的模式作物,通过变异和进化分析,许多与农艺学相关的重要编码基因都得到了深入研究,但学界对于番茄中长链非编码RNA的起源及其功能却尚不清楚。10月26日,学术期刊NEW PHYTOLOGIST 在线发表了我校园艺林学学院叶志彪教授团队的一篇题为Expression and diversification analysis reveals transposable elements play important roles in the origin of Lycopersicon-specific lncRNAs in tomato(转座子在番茄特有lncRNAs的进化形成中发挥重要作用)的研究论文。

该研究通过生物信息学手段,对栽培番茄和其近缘野生种醋栗番茄的长链非编码RNA进行了预测和表达分析。分析表明,长链非编码RNA的表达具有明显的时空特异性,生殖器官与其他组织相比具有更多的特异表达的长链非编码RNA。通过与野生潘那利番茄进行比较发现,长链非编码RNA在不同的番茄种间变异很大,转座子导致的结构变异是造成长链非编码RNA低保守性的一个重要原因。研究团队通过对一个果实破色特异表达的长链非编码RNA进行深入分析,证明了该长链非编码RNA的起源经历了两次主要的进化事件,即LTR反转座子的插入和大片段的丢失。经过共表达分析,团队发现位于该长链非编码RNA上游的一个编码基因可能是该长链非编码RNA的靶基因,该长链非编码RNA可能通过调控靶基因的表达,进而调控番茄果实的发育成熟。

该论文第一作者为园林院博士研究生王昕,叶志彪教授和张俊红教授为通讯作者。据悉,该课题组正在深入研究长链非编码RNA及其靶基因在番茄果实成熟中的作用,研究受到国家自然科学基金和国家重点基础研究发展计划(973)的资助。

论文链接:http://onlinelibrary.wiley.com/wol1/doi/10.1111/nph.13718/abstract

审核人:张俊红

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关键词: 链非 编码 rna
责任编辑:王志琦