11月29日，我校高通量测序平台负责人张清华应邀做客第94期学术沙龙，向同学们介绍了高通量测序平台的主要构成、文库构建及成本预测。
张清华用高通量测序平台宣言——“你的过去我来不及参与，你的未来我不会错过”作为开幕词开始讲座。
首先，张清华展示了平台使用的主要设备，包括超声波仪、检测仪、HiSeq 2000等，并详细介绍了HiSeq 2000，说明了其所具有的三大优点，即高产量、超快的数据处理速度、最多的数据反复读取能力。介绍设备后，张清华讲解了平台应用范围，包括DNA重测序、从头测序、RNA转录组测序、基因芯片测序等。“像DNA、RNA这种常备试剂盒我们都有，大多数都能做高通量测序，除了一些特殊样品”，张清华如是说，“目前，玉米、油菜、水稻等我们有所涉及，累计数据量达到7000。”张清华表示，测序都会存在错误，而Q30，即准确率便是数据评判的标准。“Q30达到80%以上，就表示可靠。我做的上一批样品Q30达到91%，所以我们的数据还是很可靠的”，张清华笑道。
随后，张清华介绍了文库构建的关键点并与同学们分享了实验经验。DNA文库构建包括DNA片段化，末端补平，加A，TA克隆等一系列步骤。而关键点则是甲基化。“关键点如果做不好，就只能重新做了”，张清华说道。当谈到样品准备的经验时，张清华从DNA、RNA和ChIP DNA（基因芯片测序）三点逐一讲解。以DNA为例，样品要求无RNA、蛋白质、离子、多糖及酚类等污染，并且A260/280要介于1.8-2.0，A260/A230要介于1.7-2.5之间。RNA及ChIP DNA的要求也同样苛刻。张清华展示合格的测序结果和不合格的结果在图像和数据上的差异。“一开始只有十几倍的浓度差异，但后来就导致数据出现几十Gb的差异”，张清华老师严肃地指点说。
接着，张清华报道了一些他人的研究成果，并说道：“成果不是我所关注的重点，我所关注的，是他们用了何种测序的策略以及使用了何种数据库。”其中，张清华主要讲解了关于检测胚胎发育中甲基化的文章，以此说明甲基化也可以用测序平台做检测。“如果大家对这方面的实验和数据感兴趣，可以去专业的网站查找，我很愿意和你们分享我的账户。”看出大家有明显的求知欲，张清华说。
互动环节，同学们对高通量测序方法和经费预算产生了极大的兴趣，张清华对同学们的问题做出了详尽回答。
责任编辑：晓刚